O grupo Prospecção de Produtos Naturais apresenta duas linhas de pesquisa:
Florística, que visa desenvolver trabalhos de levantamento de espécies botânicas em áreas naturais e privadas; e
Prospecção de compostos ativos em plantas e produtos naturais, que desenvolve trabalhos para avaliar o potencial antimicrobiano, alelopático, antioxidante de extratos vegetais e de amostras de própolis. São também objeto de estudo as chamadas Plantas Alimentícias Não-Convencionais, visando a avaliação de seu potencial nutricional e tóxico.