A atividade máxima de uma instituição de ensino é realizada pelo Reitor. A ele competem as decisões acadêmicas que envolvem todos os campi. É quem promove a unidade institucional e uniformidade de processos, fluxos e procedimentos. Firma convênios e parcerias com o fim de  ampliar as atividades científicas do Unasp no Brasil e no exterior. É responsável pelo cumprimento da missão e das finalidades do Unasp, pela supervisão e coordenação suas políticas e estratégias, bem como a articulação interna dos diversos órgãos.

A Vice-Reitoria Administrativa conduz os processos administrativos do Unasp. Ela assegura o atendimento das exigências legais; a garantia dos padrões de qualidade estabelecidos pela instituição; elabora a Proposta Orçamentária Anual do UNASP; fornece periodicamente, aos órgãos competentes, informações sobre o desempenho financeiro do nosso centro universitário e zela pelo patrimônio da Mantenedora. Já o Vice-Reitor Administrativo orienta e coordenar o trabalho dos Diretores Administrativos de Campus com apoio do respectivo Diretor-Geral de Campus, além de acompanhar o desempenho financeiro dos campi em questões financeiras.

Para todos os campi, a Pró-Reitoria de Graduação administra, conduz e possibilita o desenvolvimento dos docentes com o apoio dos Diretores de Graduação de Campus.

São atividades da Pró-Reitoria Acadêmica:

• Conduzir todos os processos acadêmicos garantindo o atendimento às exigências legais, mantendo a unidade institucional e uniformidade de processos, fluxos e procedimentos de todos os campi.
• Garantir os padrões de qualidade estabelecidos pela instituição.
• Coordenar os trabalhos de planejamento acadêmico da graduação.
• Elaborar e atualizar as políticas para a graduação a serem aprovadas pelo Conselho de Educação Superior (CONSU) a sua realização, e com as demais pró-reitorias, elaborar políticas de qualificação e aperfeiçoamento de docentes, zelando pelo cumprimento dos programas e Projetos Pedagógicos de Curso (PPC).

Os objetivos da Pró-reitoria de pós-graduação, são promover o desenvolvimento das atividades de pós, mantendo o atendimento pleno às exigências legais, a unidade institucional e uniformidade de processos, fluxos e procedimentos garantindo os padrões de qualidade estabelecidos pela instituição.

A Pró-reitoria de Pesquisa e Desenvolvimento Institucional promove o crescimento na área da pesquisa e da produção científica e intelectual. Ela estabelece políticas e diretrizes para a gestão e desenvolvimento do stricto sensu, dos grupos de pesquisa e da Unaspress, editora universitária, e também monitora e acompanha programas de fomento e incentivo à pesquisa. Cabe a ela também elaborar estudos e mapeamentos que, entre outras coisas, indicam a viabilidade para a abertura de novos cursos e programas e descrevem o cenário da produção científica na instituição. A pró-reitoria também propõe ações de parcerias e convênios com instituições educacionais ou não educacionais, públicas ou privadas, visando à expansão do UNASP.

Desenvolver, no âmbito da Confessionalidade, projetos que promovam ações integrativas e atividades colaborativas entre os Campi, Polos do EAD, Unidades Descentralizadas, tendo os Pastores das Igrejas dos Campi como parceiros da missão.

A Diretoria de Educação a Distância tem a finalidade de responder academicamente e financeiramente pelas atividades pedagógicas e administrativas de programas e cursos na modalidade a distância, objetivando formular e implementar a oferta de cursos, polos e projetos da Educação a Distância. Articula também, acompanhar e fornecer apoio tecnológico e pedagógico aos discentes e colaboradores, desenvolvendo conteúdos e programas com ferramentas técnicas para a utilização em EAD, coordenando e supervisionando os programas de graduação, pós-graduação e extensão que utilizem ferramentas da Educação a Distância.

A Secretaria-Geral é órgão do UNASP responsável por coordenar os trabalhos de registros e controles acadêmicos realizados pelas Secretarias Acadêmicas dos campi, Setor de Gestão Documental e Setor de Registro de Diplomas e Certificados.
É também responsável por orientar gestores quanto à legislação educacional interna e externa, gerenciar o acesso à legislação educacional e documentos institucionais, coordenar solenidades de Colação de Grau, Honrarias, Cerimônias de Posse, dentre outras.