A atividade máxima de uma instituição de ensino é realizada pelo Reitor. A ele competem as decisões acadêmicas que envolvem todos os campi. É quem promove a unidade institucional e uniformidade de processos, fluxos e procedimentos. Firma convênios e parcerias com o fim de  ampliar as atividades científicas do Unasp no Brasil e no exterior. É responsável pelo cumprimento da missão e das finalidades do Unasp, pela supervisão e coordenação suas políticas e estratégias, bem como a articulação interna dos diversos órgãos.

A Vice-Reitoria para a Educação Superior está responsável pelo desenvolvimento e excelência das atividades acadêmicas, garantindo o atendimento as exigências legais, mantendo a unidade institucional e a uniformidade de processos, fluxos e procedimentos de todos os cursos de Graduação e Pós-Graduação do UNASP. A Vice-Reitoria para a Educação Superior conduz e acompanha os trabalhos da:
• Pró-Reitoria de Graduação;
• Pró-Reitoria de Educação a Distância (EAD);
• Pró-Reitoria de Pós-Graduação Lato Sensu;
• Pró-Reitoria de Pesquisa e Desenvolvimento Institucional;
• Diretoria de Extensão;
• Diretoria de Garantia de Aprendizagem;
• Assessoria Pedagógica;
• Biblioteca; e
• Coordenação do Centro de Experiências Profissionais – CEPRO.

A Vice-Reitoria Administrativa está responsável pela sustentabilidade financeira do UNASP. Ela assegura o atendimento das exigências legais, a garantia dos padrões de qualidade, elabora a Proposta Orçamentária Anual da IES, fornece periodicamente informações sobre o desempenho financeiro aos órgãos competentes e zela pelo patrimônio da Mantenedora.
A Vice-Reitoria Administrativa conduz e acompanha os trabalhos da:
• Pró-Reitoria de Gestão Integrada;
• Pró-Reitoria Financeiro;
• Diretoria Administrativo do Campus;
• Secretaria Acadêmica;
• Diretoria da Brazilian Adventist School for International Exchange (BASIE);
• Diretoria Jurídica;
• Diretoria de Recursos Humanos (RH);
• Diretoria de Tecnologia da Informação (TI);
• Diretoria de Cursos Livres – Next;
• Gerência de Arquitetura e Engenharia;
• Gerência de Compras; e
• Controladoria.

A Vice-Reitoria de Desenvolvimento Estudantil está responsável pelas atividades de convivência e desenvolvimento social dos estudantes. O UNASP tem o propósito de criar Experiências para a vida e essa liderança busca criar um ambiente onde cada estudante se sinta acolhido e motivado a se envolver. Acreditamos que a convivência vai além da sala de aula, e consiste nas interações diárias, onde a verdadeira essência da vida universitária floresce. A Vice-Reitoria de Desenvolvimento Estudantil inspira uma nova geração de líderes, que aprendem a importância da convivência harmoniosa e do desenvolvimento social. A Vice-Reitoria de Desenvolvimento Estudantil conduz e acompanha os trabalhos da:
• Diretoria de Desenvolvimento Estudantil;
• Preceptoria
• Restaurantes Universitários
• Residenciais Universitários

A Vice-Reitoria para a Educação Básica está responsável pela gestão dos Colégios UNASP. Os colégios são parte de uma rede de escolas que oferece ensino básico administrados pela Igreja Adventista do Sétimo Dia e tem como princípios e valores a formação integral dos alunos e a excelência pedagógica. Os Colégios UNASP tem como características:
• Ensino bilíngue
• Metodologia de ensino que incentiva a interação entre teoria e prática, razão e emoção, individual e coletivo
• Sistema de ensino próprio e personalizado
• Uso de recursos digitais para facilitar o aprendizado
• Ensino de valores, pensamento crítico e aplicação para a vida
• Ambiente educacional saudável
A Vice-Reitoria para a Educação Básica conduz e acompanha os trabalhos da:
• Diretorias da Educação Básica;
• Coordenadoria dos Orientadores Educacionais;
• Coordenadoria dos Coordenadores Pedagógicos;
• Secretaria Acadêmica da Educação Básica.